交易系統(tǒng)是一整套交易計劃、策略、方法。人工手動完全可以執(zhí)行。如果把交易系統(tǒng)編成程序代碼，通過股票交易系統(tǒng)電腦來執(zhí)行，那么就是程序化交易。股票交易系統(tǒng)程序化交易是以系統(tǒng)交易為前提的。但并不是說交易系統(tǒng)一定要由電腦來自動執(zhí)行。電腦可以代替人重復(fù)執(zhí)行交易系統(tǒng)，股票交易系統(tǒng)電腦是比人工更有效率的執(zhí)行方法而已。交易系統(tǒng)的程序化是系統(tǒng)化交易中的更高階段。一般是比較專業(yè)的交易者或投資機構(gòu)會用到程序化交易。

比如，期貨中有一些短線交易系統(tǒng)可以非常頻繁地以每秒幾次的頻率發(fā)出交易指令，這個速度就不是人腦和人工所能企及的了。但對于普通交易者來說，有些中長線交易系統(tǒng)可能會相隔很久才會發(fā)出交易信號，這就不一定需要自動交易了。使用電腦確實可以極大地改善交易系統(tǒng)運行效率，可以及時地將系統(tǒng)制作者的思想體現(xiàn)出來。而且，將交易系統(tǒng)放到電腦上，由電腦給出各個信號，這樣的信號更加客觀，可以促使交易者更好地執(zhí)行交易系統(tǒng)，避免人為情緒的波動對投資產(chǎn)生影響。在股票交易系統(tǒng)交易系統(tǒng)建立好了以后，有能力的交易者可以嘗試交易系統(tǒng)的程序化。