從長遠(yuǎn)的發(fā)展目標(biāo)來看，新三板市場定位我國的資本市場要構(gòu)建起以主板市場、中小板和創(chuàng)業(yè)板所在的二級市場、新三板市場、區(qū)域性股權(quán)交易市場、新三板市場券商之間柜臺交易市場等五個層次為主的多層次結(jié)構(gòu)體系。各板塊間是平等的分工合作關(guān)系，以層次高低來描述各個板塊之間的關(guān)系并不準(zhǔn)確。雖然不同資本市場在規(guī)模上有區(qū)別，但各個市場應(yīng)該是一種平行并列的關(guān)系。設(shè)立不同的資本市場是為了滿足不同估值和特點的企業(yè)的發(fā)展需要，因此每一個資本市場都有自己獨(dú)特的市場定位，比如主板市場就是為大中型企業(yè)上市服務(wù)，而就目前而言，新三板位于第三層次，其市場定位是為非上市公眾公司提供股權(quán)交易平臺，從而形成一個高效便捷的企業(yè)融資平臺。需要注意的是，在整個資本市場結(jié)構(gòu)中，創(chuàng)業(yè)板和新三板在某些方面有很多相似之處，兩者都服務(wù)于高成長型、創(chuàng)新型、科技型的中小企業(yè)，但是兩者之間還是存在一些差別。

  如果將企業(yè)按照生命周期來劃分，可以分為初創(chuàng)期、成長期和成熟期，新三板市場創(chuàng)業(yè)板更加側(cè)重服務(wù)于那些成長后期，接近成熟期的中小企業(yè)，而新三板則針對初創(chuàng)后期有產(chǎn)品、有技術(shù)、有持續(xù)經(jīng)營能力、有一定盈利模式，接近于成長初期的中小企業(yè)，注重企業(yè)的經(jīng)營模式、新三板市場成長空間和發(fā)展前景。在進(jìn)行市場定位的時候，一定要明確區(qū)分開來，不要混淆在一起。

  此外，隨著新三板制度的不斷完善，尤其是轉(zhuǎn)板制度的引入，新三板市場幫助更多的企業(yè)實現(xiàn)了與IPO完全不同的道路上市。新三板成為了優(yōu)質(zhì)企業(yè)的孵化池，它可以為主板市場培育和提供更多優(yōu)質(zhì)的上市企業(yè)，并且完善了主板市場的退市機(jī)制。這也是新三板在發(fā)展過程中的一個重要定位。