中國經(jīng)濟體制改革在1993年開始進(jìn)入市場經(jīng)濟階段，市場機制與之相對應(yīng)的，金融體制也進(jìn)入深化改革階段。資本市場進(jìn)一步發(fā)展，建立銀行同業(yè)拆借市場、國庫券交易市場，市場機制發(fā)展票據(jù)貼現(xiàn)市場；發(fā)展企業(yè)債券發(fā)行、交易市場；建立發(fā)展股票發(fā)行、市場機制交易市場；進(jìn)一步拓寬銀行信貸發(fā)展領(lǐng)域；積極發(fā)展保險業(yè)務(wù)。

在這一階段，科技金融發(fā)展的主要特征就是市場配置科技金融資源機制的建立和發(fā)展。這一階段以1998年“火炬計劃”的實施為開端，在“火炬計劃”前，中國大多數(shù)科技計劃主要依靠國家財政撥款，屬于指令性計劃，其市場機制科研成果推廣轉(zhuǎn)化率往往較低。“火炬計劃”是中國第一個以市場機制為基礎(chǔ)的科技計劃，在此平臺上，風(fēng)險投資、企業(yè)市場機制集合債券等科技金融創(chuàng)新工具得以順利誕生、發(fā)展。這一市場機制階段其他重要科技金融事件包括：中國第一個高新技術(shù)開發(fā)區(qū)誕生、“973”計劃實施、“211”工程實施等�？萍假J款在這一時期也得到快速發(fā)展，1990年中國人民銀行正式設(shè)立科技開發(fā)貸款項目，市場機制科技貸款管理制度不斷完善，科技貸款工具逐步引入國家專項科技計劃。在國家“星火計劃”實施期間，銀行貸款提供資金供給比例達(dá)到37.3%，國家“火炬計劃”實施也充分利用銀行信貸資金為研發(fā)項目提供資金。